Součástí plicního oddělení je ambulance alergologie a klinické imunologie, která se zabývá diagnostikou a léčbou alergických onemocnění jako je alergická rýma, alergický zánět spojivek, průduškové astma, kožní alergické projevy (atopický ekzém, kopřivka a otoky), potravinové a lékové alergie, alergie na hmyzí jed, dále diagnostikou a léčbou poruch imunity projevujícími se jako recidivující infekce (respirační, urogenitální, kožní), opakované opary a afty, únavový syndrom, eosinofílie a další.
Pacienti jsou do této ambulance objednáni na základě doporučení praktického nebo jiného ošetřujícího lékaře.